تسعى كلية الهندسة الطبية إلى إعداد المهندس الطبي ذي الكفاءة العالية علمياً ومهنياً وأخلاقياً، وإلى الاسهام في تعميق الارتباط بالمجتمع من خلال توثيق التعاون مع جميع القطاعات المعنية بالأمور الصحية ومن خلال الشراكات الاستراتيجية الهادفة لتطوير التعليم ودعم فرص التعلم والتطور المهني، كما تسعى إلى التميز في البحث العلمي بما يتناسب مع احتياجات المجتمع ويواكب التطور العالمي.

تهدف كلية الهندسة الطبية في جامعة الأندلس الخاصة للعلوم الطبية إلى ما يأتي:

1. إعداد المهندس الطبي ذي الكفاءة العالية، المدرك لاحتياجات المجتمع.
2. تهيئة المهندس الطبي لمتابعة الدراسات العليا التخصصية، والقيام بالبحوث العلمية.
3. الإسهام في النهوض بالبحث العلمي في علوم الهندسة الطبية، والقيام بالدراسات والبحوث العلمية المختلفة، وتنمية روح العمل والبحث العلمي الجماعي لدى الخريجين.
4. تطوير وسائل التعليم وأساليبه، وأصول التدريس في مجالات علوم الهندسة الطبية، بما يتلاءم مع التطور العالمي؛ واعتماد التقنيات العلمية، والعملية، اللازمة لذلك، بالإضافة إلى وضع المؤلفات الجامعية والمرجعية.
5. تقديم برامج للدراسات العليا في مختلف تخصصات علوم الهندسة الطبية.
6. العمل على تأمين التعليم والتدريب المستمر في مجالات تخصص الكلية، واجراء دورات التأهيل والتدريب والتعليم المستمر لخريجي كلية الهندسة الطبية.
7. توثيق التعاون مع جميع القطاعات المعنية بالأمور الصحية والتقنية في المجتمع.