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Die Fakultät für Medizintechnik besteht aus den folgenden Abteilungen:
Biomedizinische Technik, als akademisches Fachgebiet, ist eine Kombination von vielen wissenschaftlichen Funktionen, die Grundwissenschaften, wie Mathematik, Physik und Chemie, sowie angewandte Wissenschaften wie Medizin und Technik. Der medizinische Teil umfasst diagnostische und therapeutische klinische Anwendungen. Allerdings ist der Technikteil eine angewandte analytische Wissenschaft, die für Innovationslösungen für neue technische Probleme verantwortlich ist. Die Grundlagen der Medizintechnik beginnen mit der Analyse und dem Studium von medizinischen Problemen und schließen mit eingehenden Wissenschaften, die das technische System als Lösung für medizinische Probleme entwerfen und entwickeln. Daher müssen technische Fachgebiete wie Mathematik, Physik, Chemie, Statistik, Programmierung, Funktionsphysiologie, Physiologie der lebenswichtigen Organe und funktionelle Anatomie, die als Grundwissenschaften in der Biomedizintechnik betrachtet werden, bearbeitet werden. Auf der anderen Seite müssen auch Fachfächer wie medizinische Elektronik, medizinische Diagnosesysteme, diagnostische und therapeutische Medizinprodukte, Prothetik, Rehabilitation, biomedizinische Kontrolle, Biomechanik, Krankenhaustechnik und medizinische Sicherheitssysteme untersucht werden. Daher werden folgende Fachgebiete an der Fakultät für Medizintechnik der Al-Andalus-Universität unterrichtet:
1.    Abteilung für Grundlagenwissenschaften
2.    Abteilung für Biomechanik
3.    Abteilung für medizinische Elektronik
4.    Abteilung für medizinische Informatik
5.    Abteilung für medizinische Geräte und Krankenhaustechnik
6.    Abteilung für biomedizinische Wissenschaften